Постоянно возникавшие конфликты между Советом и Парламентом и вследствие этого затягивание процедуры принятия бюджета, стали одним из факторов проведения бюджетной реформы 1988 г., направленной в том числе и на ужесточение бюджетной процедуры. В результате реформы было введено понятие «финансовой перспективы» – среднесрочной финансовой программы. Заключив Межинституциональное соглашение на период действия финансовой перспективы, Парламент, Совет и Комиссия заранее определяют основные бюджетные приоритеты на будущий период (4-6 лет) и принимают на себя обязательства не превышать уровни расходов, указанные в финансовой перспективе. Таким образом, правило максимальной ставки роста «необязательных расходов», из-за которой происходили конфликты между Советом и Парламентом, значительно трансформировалось. Теперь две ветви бюджетной власти применяют ту ставку увеличения «необязательных» расходов, которая не нарушает максимальных объемов расходов Сообщества, предусмотренных финансовой перспективой.
Во всех случаях, когда к началу нового финансового года бюджет ЕС еще не принят, в силу вступает ст.273 Амстердамского договора, в соответствии с которой начинает действовать т.н. «режим двенадцатой доли». Для функционирования ЕС Комиссия имеет право производить финансирование расходов ежемесячно в пределах 1/12 доли соответствующих статей бюджета истекшего финансового года.
Когда бюджет окончательно принят, Комиссия не имеет права превышать установленные суммы расходов по отдельным статьям. Исключения из этого правила допускаются лишь в следующих случаях:
- Передвижение с разрешения Совета или Парламента (в зависимости от вида ассигнований) отдельных сумм из одного раздела в другие в случае экономии по отдельным статьям или в случае возникновения непредвиденных расходов.
- В результате переноса неизрасходованных по каким-либо причинам ассигнований в прошедшем финансовом году на текущий год. Однако они считаются частью того бюджета, в составе которого были утверждены. Некоторые из таких ассигнований, вытекающие из обязательств, возникших в течение финансового года, переносятся на следующий год автоматически.
- В случае принятия дополнительных или корректировочных бюджетов, если утвержденные по бюджету ассигнования недостаточны для покрытия вновь возникающих дополнительных расходов. Тогда дополнительный бюджет принимается при увеличении общей суммы бюджетных расходов.
В соответствии с финансовым регламентом институты ЕС (Совет, Парламент, Суд, Палата аудиторов, Экономический и социальный комитет, Комитет регионов) осуществляют расходы в соответствии с утвержденными сметами, куда главным образом входят административно-управленческие расходы. Смета Комиссии включает фактически все расходы на проведение интеграционных мероприятий и на осуществление общих политик ЕС. Комиссия также обладает средствами на административные расходы.